病原微生物NGS解決方案來了，您準(zhǔn)備好項(xiàng)目了嗎？

更新時間：2020-10-12 點(diǎn)擊次數(shù)：1568

病原微生物NGS解決方案來了，您準(zhǔn)備好項(xiàng)目了嗎？

人類與感染性疾病的戰(zhàn)斗持續(xù)了幾千年。但自17世紀(jì)列文虎克用顯微鏡觀察到微生物后，人類才逐漸認(rèn)知到了感染性疾病是由病原微生物導(dǎo)致，逐步開啟了病原微生物的研究。
主要的研究方法包括經(jīng)典的培養(yǎng)鑒定法、實(shí)時熒光定量PCR法、NGS分析、質(zhì)譜分析等多種方法。其中NGS由于可直接從宿主中快速而正確地檢測鑒別病原體的全基因組序列，以及通量高、數(shù)據(jù)庫全等特點(diǎn)，逐漸成為微生物研究領(lǐng)域的重要方法，并為后續(xù)實(shí)現(xiàn)對感染性疾病診斷、治療及預(yù)防提供技術(shù)保障。

NGS在病原微生物研究中的主要應(yīng)用包括：
(1) 確定病原體全基因組序列，動態(tài)監(jiān)控病原體的基因組變異；
(2) 特殊病原體（少見、未知、混合感染）的快速鑒定；
(3) 病原體的耐藥情況、毒力因子、以及與宿主的相互作用等的研究。

但是，科研人員往往面臨病原微生物核酸含量低、宿主核酸污染、實(shí)驗(yàn)流程復(fù)雜等問題，

Takara病原微生物NGS文庫構(gòu)建解決方案，能又快又好地幫您完成以下領(lǐng)域的分析。

1. 病原微生物檢測

宏基因組學(xué)（Metagenomics）解決方案

宏基因組學(xué)是研究環(huán)境或人體等樣本中所有以DNA為基因組的微生物遺傳物質(zhì)的技術(shù)，它的發(fā)展開啟了病原微生物研究的新時代。這種技術(shù)不依賴微生物分離培養(yǎng)，可直接對臨床樣本中的核酸進(jìn)行檢測，分析微生物群落、以及微生物與宿主之間的相互關(guān)系。

ThruPLEX DNA-Seq Kit，實(shí)現(xiàn)對微量樣品的可靠宏基因組分析

在某些情況下，以非常少量的臨床樣本作為研究對象進(jìn)行宏基因組分析是難免的，這類樣本包括臨床拭子、體液、少量組織等。ThruPLEX DNA-Seq Kit支持50 pg-50 ng DNA起始，單管操作、手動15 min、總共兩小時，過程中無需轉(zhuǎn)管與純化，輕松應(yīng)對宏基因組建庫難題！

【文獻(xiàn)案例】

皮膚是人體大的器官，“網(wǎng)羅”了各種各樣的微生物。多年來，雖然科研人員對涉及皮膚內(nèi)穩(wěn)態(tài)的微生物群落研究有了一些進(jìn)展，但對皮炎與微生態(tài)失衡之間是否關(guān)聯(lián)知之甚少。近來，瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院的Dr. Nanna Fyhrquist團(tuán)隊(duì)在Nature Communications雜志上發(fā)表了題為Microbe-host interplay in atopic dermatitis and psoriasis的文章，采用宏基因組學(xué)結(jié)合16s rRNA測序、宿主轉(zhuǎn)錄組測序分析技術(shù)，探討過敏性皮炎、銀屑病及健康人皮膚表面微生物群落特征，并與宿主皮膚轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

結(jié)果顯示，過敏性皮炎與銀屑病皮膚樣品具有各自*的微生物群落特征，并都與健康人樣本的數(shù)據(jù)存在差異。其中，過敏性皮炎樣本的優(yōu)勢菌為Staphylococcus aureus，與皮膚屏障功能、色氨酸代謝及免疫激活等宿主轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)有相關(guān)性；銀屑病樣本顯示出共生的微生物群落結(jié)構(gòu)，并與宿主疾病相關(guān)基因的表達(dá)存在弱相關(guān)性。

本案例，作者使用皮膚拭子采集皮膚微生物樣本，采用ThruPLEX DNA-Seq Kit完成宏基因組文庫構(gòu)建，起始DNA量為50-300 pg，非常微量！該試劑盒具有操作簡便，所構(gòu)建文庫覆蓋度均一、多樣性好、duplicates比例低等特點(diǎn)，助力Dr. Nanna團(tuán)隊(duì)獲得了可靠的宏基因組數(shù)據(jù)，為后續(xù)皮膚炎癥biomarker的發(fā)現(xiàn)及靶向治療提供了數(shù)據(jù)支持！

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