Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq Kit

Rubicon Genomics成立于2000年，總部位于美國密歇根州。該公司的核心競爭力產(chǎn)品包括酶學(xué)、核酸化學(xué)、樣品的加工生產(chǎn)，該公司致力于創(chuàng)新、知識產(chǎn)權(quán)的發(fā)展和持續(xù)的產(chǎn)品開發(fā)。

Rubicon Genomics開發(fā)創(chuàng)新、高品質(zhì)的、核酸文庫的制備及配套產(chǎn)品，ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit能夠?qū)εR床樣本進行簡單、快速可靠和高靈敏度的分析。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產(chǎn)品說明：

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫構(gòu)建。Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑，該試劑專門針對cfDNA進行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫的信息容量。文庫構(gòu)建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標(biāo)區(qū)域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit應(yīng)用于無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測 。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度、更準(zhǔn)確的基因變異分析結(jié)果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit可與以雜交為基礎(chǔ)的靶序列富集系統(tǒng)組合使用。

1個反應(yīng)管、2小時、3步反應(yīng)的簡單操作（其中手動操作只需要15分鐘），無中間純化步驟，無樣品轉(zhuǎn)移是必要的，從而防止處理錯誤和有價值樣品的損失。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒應(yīng)用：

• 胎兒染色體非整倍體檢
• 無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測
• 腫瘤無創(chuàng)檢測
• cfDNA血漿游離DNA檢測

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒訂購信息

品牌     Code No.  Takara No. 包裝量    產(chǎn)品名稱

Rubicon R400490     RB4490 12 Rxns  ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit

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提供產(chǎn)品：華雅干細(xì)胞致力于為中國干細(xì)胞領(lǐng)域的干細(xì)胞科學(xué)研究、臍帶血/造血干細(xì)胞/臍帶/脂肪/胎盤干細(xì)胞庫、干細(xì)胞臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、干細(xì)胞美容及干細(xì)胞抗衰老、免疫細(xì)胞治療、T細(xì)胞治療、臨床干細(xì)胞治療等再生醫(yī)學(xué)和個體化治療產(chǎn)業(yè)鏈的相關(guān)客戶提供：MSC間充質(zhì)干細(xì)胞培養(yǎng)基、iPS/ES胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)基、血清替代物、羊水培養(yǎng)基、基底膜基質(zhì)膠細(xì)胞支架、干細(xì)胞生長分化調(diào)控因子、BioMarker 流式檢測抗體、支原體檢測試劑盒、內(nèi)毒素檢測試劑盒、干細(xì)胞存儲細(xì)胞凍存袋、細(xì)胞培養(yǎng)瓶、USP級DMSO二甲基亞砜細(xì)胞凍存液、細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)試劑耗材儀器等種類豐富的產(chǎn)品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細(xì)胞研究，提升干細(xì)胞品質(zhì)”為己任，我們與客戶攜手為中國干細(xì)胞產(chǎn)業(yè)的發(fā)展而前行。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產(chǎn)品組成

• 模板準(zhǔn)備緩沖液（紅色）
• 模板準(zhǔn)備酶（紅色）
• 文庫合成緩沖液（黃色）
• 文庫合成酶（黃色）
• 文庫擴增緩沖液（綠色）
• 文庫擴增酶（綠色）
• 無核酸酶水
• 索引試劑（藍(lán)色）
• 使用方法

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒原理

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于Rubicon Genomics的ThruPLEX技術(shù)，含有靶向基因檢測試劑。與其它基于Y型適配器連接的NGS圖書館準(zhǔn)備工具不同，ThruPLEX使用莖環(huán)適配器在快速高效的工作流程中構(gòu)建高質(zhì)量的庫。在*步，模板制備時，修復(fù)無細(xì)胞DNA（cfDNA）并產(chǎn)生具有鈍端的分子。在下一步中，具有封閉的5'端的銜接子以高效率連接到cfDNA的5'末端，留下切口目標(biāo)片段的3'末端。適配器不具有單鏈突出端并被阻止相互結(jié)合，這兩者都有助于與許多其他NGS發(fā)現(xiàn)的非特異性背景準(zhǔn)備工作。在zui后一步中，擴增cfDNA的3'末端以完成文庫合成和光合作用索引通過高保真放大增加。任何剩余的免費適配器被銷毀。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit通過使用單管協(xié)議并消除實際操作時間和污染風(fēng)險zui小化。

Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑，適用于無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒工作流程：

• 模板準(zhǔn)備有效修復(fù)輸入的無細(xì)胞DNA；
• 用于連接Rubicon Genomics的莖環(huán)適配器的文庫合成；
• 用于擴展模板的庫擴增，莖環(huán)接頭的切割以及放大文庫，還使用高保真度引入與Illumina兼容的索引，低偏差DNA聚合酶。  

圖1. ThruPLEX^® 技術(shù)概要。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進行末端修復(fù)。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進一步降低背景。高保真度擴增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫。

圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit構(gòu)建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中針對0.1ng、1ng、30ng的cell-free DNA，使用ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit、A公司試劑盒和C公司試劑盒制備文庫，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，每個樣品得到約17-25 M read(PE)。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計算Duplication rates。重復(fù)read比例以每個樣品17M計算。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit與其他公司試劑盒相比，針對不同input量，使用本試劑盒制備的文庫相比其他公司試劑盒制備的文庫，本試劑盒制備的文庫的多樣性（左圖）是zui高的，重復(fù)read的比例（中間圖）、unmapped read的比例（右圖）較其他公司低。通過使用本試劑盒，input量很低時也可制備得到高品質(zhì)的文庫。在無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測等領(lǐng)域ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit優(yōu)于其他產(chǎn)品，深受胎兒染色體非整倍體檢測和腫瘤學(xué)科研工作者的重視。

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圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進行高效捕獲，對kinome進行深度測序分析以檢測突變。分別以5 ng、6.5 ng、10 ng 3個血漿樣品為起始建庫量，三次重復(fù)。目標(biāo)區(qū)域經(jīng)SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進行測序，每個文庫約獲得5 M reads，目標(biāo)堿基被成功捕獲分析。在30x覆蓋度時，平均77%的堿基被覆蓋。 

圖4. 高重復(fù)性的、無偏倚的GC覆蓋度。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實驗結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進行測序。作為對比，NEBNext Ultra構(gòu)建了4份獨立血漿樣品的文庫。

圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結(jié)果。

（*以上數(shù)據(jù)來源于Karolinska 協(xié)會，瑞典）

5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進行illumina文庫構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺進行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。深受無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測科研工作者的重視。 

ThruPLEX® Plasma-seq Kit 胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒

• 專為cfDNA設(shè)計：經(jīng)過優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑
• 高品質(zhì)NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達(dá)到高檢測再現(xiàn)性
• 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量
• 快速簡便：無需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管、2小時、3步操作步驟
• 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標(biāo)區(qū)域測序等領(lǐng)域文庫構(gòu)建
• 兼容自動化平臺：Beckman® FXP Workstation
• Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測序試劑盒應(yīng)用于：胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒、無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測 、靶向基因檢測試劑。

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